兩鐵合併曾引起廣泛爭議，有人認為合併後產生的協同效應可節省成本及營運開支，並能取消轉乘車費。 反對者則認為會失去競爭造成壟斷，並擔心合併後會以上市公司名義遠離監管。 港鐵地圖 兩鐵合併前，當時荃灣綫、港島綫和將軍澳綫全綫及觀塘綫大部份用車使用由英國都城嘉慕（已由法國的阿爾斯通收購）所製造的都城嘉慕電動列車，也就是英製列車，最高時速達80公里。
直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵綫全線恢復通車。 但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘錢 九龍塘站往油麻地方向的月臺上，非常擠迫，一般要等3班車纔上到車。 例如在各個車站內有不少海報，月臺及車廂亦有廣播提醒乘客。 此外，港鐵引入附例來防止乘客進行不當或危險的行為，例如禁止攜帶易燃物品，違規者可被罰款甚至入獄。
港鐵地圖: 車費優惠
期間荃灣綫列車一度不停尖沙咀站，直至翌日早上才完全回復正常。 2004年9月，連接尖沙咀站和尖東站的麼地道行人隧道啟用，當時連接該行人隧道的地鐵出入口被稱為尖沙咀站G出口；同年10月24日，九廣東鐵正式延伸至尖東站，而尖沙咀站並成為地鐵與九廣東鐵繼九龍塘站後的第二個轉乘站。 港鐵地圖 使用八達通或港鐵都會票者於30分鐘內在此兩站轉綫，會被視作一程車程，因此如從其他車站到達該站並由尖東站返回尖沙咀站者則會按港鐵的「車票發出條件」被徵收原站出入超過20分鐘的費用（殘疾人士或長者除外）。 而從該站出發超過150分鐘則會被收取相等於當時港鐵最高車費作為附加費。
當日有約150名乘客事發後，經車尾緊急出口斜道，行路軌折返旺角站，港鐵車務總監李家潤表示，原意是安排乘客疏散到油麻地站月臺，但因廣播問題，以致部分人往車尾緊急通道離開。 2019年10月4日，香港經歷了接近4個月的反修例運動，部分示威者嘗試透過影響港鐵車站運作及對其進行大規模破壞，以進行全港大罷工。 港鐵表示，由於大量車站遭到嚴重破壞，為顧及所有乘客和員工安全，港鐵宣佈全線暫停服務，港鐵巴士亦暫停。 時任立法會議員鄭家富批評港鐵應變手法差劣，過去立法會曾多次討論港鐵在緊急事故提供接駁巴士的安排，但今次事件反映港鐵仍然準備不足。 他敦促港鐵檢討事件，並加快在東鐵綫沿線加裝屏障，防止因塌樹損毀電力系統。
港鐵地圖: 設施
車務總監金澤培於會上亦承諾徹查事件，並於一週內公開調查報告。 直至翌年3月，港鐵方公開調查報告，但仍拒絕就此事而道歉。 2019年10月6日，一列由葵興站（當時荃灣綫受反修例事件影響，只停葵興、荔景及美孚）開往美孚站的列車在茘景站渡線以時速10公里慢速行駛時超越停車燈號位置，該路軌平常不會使用，列車越過該位置時觸碰到軌旁石屎躉，但列車車輪沒有偏離軌道。 ]報道一部無載客港島綫列車駛回廠時，第三卡車輪突然出軌，偏離軌道，車卡輾壓路軌及軌道旁的設備造成損毀，並撞毀一條供車長上落的石屎樓梯。
- 1980年12月，香港政府正式批准興建港島綫，並於1982年3月開始動工。
- 為配合方便觀塘綫乘客適應在油塘站轉乘將軍澳綫列車前往香港島，將軍澳綫及觀塘綫來往北角站及藍田站至油塘站的路段於2002年8月4日啟用，列車在離開鰂魚湧站及東區海底隧道路段之後，不再前往藍田站，改行一段新建的鐵路前往新的油塘站。
- 該相片在網上瘋傳，網民紛紛「洗版式」抨擊港鐵處理乘客攜帶大型物件的條例時，「雙重標準」及「執法不公」。
- 乘客可以於各市區綫之間轉乘，而無須經過閘機，唯於尖東／尖沙咀車站之間轉乘除外。
- 例如在各個車站內有不少海報，月臺及車廂亦有廣播提醒乘客。
1月21日，工會召開會員大會，列車司機認為在車站方面前車可鑑，即使與管理層談判亦是白費心機的，會議通過採取工業行動，即時生效。 由於事出突然，令管理層措手不及，再加上勞工處及多個勞工團體領袖如：基督敎工業委員會主任劉千石、香港教育專業人員協會會長司徒華、政府土地測量員協會主席黃偉雄等排解下，雙方終於在勞工處代表見證下簽訂協議。 反對逃犯條例修訂草案運動初期，示威者對港鐵關係友善，即使有激進示威者堵塞路面交通，也沒有出現任何干擾港鐵運作的行為，以便透過港鐵動員人手及安全撤退。 港鐵地圖 港鐵地圖2025 此外，不少示威者為免使用八達通留下乘車紀錄，刻意購買較昂貴的單程票，有些人更在購票機頂部留下現金讓其他有需要人士購買車票。
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輕鐵、港鐵巴士、港鐵接駁巴士、使用全月通加強版、迪士尼綫月票乘搭港鐵免費車程及東鐵綫頭等額外費除外。 洗手間、的士站市區預辦登機大堂和月臺閘區邊緣皆設有客務中心；同時，該大堂和月臺層皆設有機場航班顯示屏。 港鐵地圖2025 機場快綫和東湧綫屬兩個不同的收費區，機場快綫大堂往返C出口及中環站需經過東湧綫大堂，乘客抵達東湧綫大堂後需要重新入閘。
港鐵地圖: 車站用途
乘客於市區入閘時會被扣八達通單程正價車費，多收的車費會於回程出閘時自動退回八達通內。 年滿12歲人士（包括學生、殘疾人士、60-64歲香港居民及長者）乘搭機場快綫，皆須繳付成人車資；以「樂悠咭」、長者八達通、「學生身分」個人八達通、以及12-64歲的「殘疾人士身分」個人八達通進出機場快綫閘機，皆會被扣除成人車費。 港鐵地圖2025 車站藝術計劃於1998年機場快綫通車時正式展開，以香港與國際連接為意念的藝術品「夢幻之旅」及「快而安」分別擺放於預辦登機手續大堂與中環行人隧道內。 機場快綫主要設施位於車站較高樓層，L2層是月臺與的士站，地面層是地面出口、市區預辦登機櫃檯，兩者之間夾有L1商店層。 市區預辦登機大堂和月臺閘區邊緣皆設有客務中心；同時，該大堂和月臺層皆設有機場航班顯示屏，方便旅客留意航班資訊。 香港站（Hong Kong Station），是現時港鐵東湧綫與機場快綫之市區端總站，位於港島中西區中環港景街1號，屬地底車站，月臺設於民祥街地底，上蓋物業為國際金融中心一期、二期、商場及四季酒店。
港鐵地圖: 接駁交通
香港的地鐵使用的重型鐵路系統，能有效應付眾多的乘客需求量。 於繁忙時間，市區綫每小時最多可開出34班列車，即每1.75分鐘一班，載客量達85000人次。 而地鐵列車數目已由剛通車時的140卡，增加至2007年的1082卡（包括市區綫的6卡後備車卡，機場快綫的88卡和迪士尼綫的12卡）。 港鐵地圖2025 持有八達通的乘客於30分鐘內在該兩站轉綫，將被視作一程車程。
港鐵地圖: 車站周邊
新大堂設有6部出入閘機、5部自動售票機、售票及補票處和商店，更增設了兩部自動扶手電梯及兩臺樓梯，方便乘客往來月臺及中層大堂。 紅磡管制站位於紅磡站過境限制區內，運作時間為每日上午七時十五分至晚上九時，負責處理乘搭直通車往返內地旅客的出入境事宜，有關乘客須持有有效直通車車票及旅遊證件；非過境人士須持有由港鐵簽發的「紅磡站限制區通行證」方可進入。 根據《鐵路發展策略2000》，紅磡站將發展成為香港的「集體運輸中心」。
港鐵地圖: 機場鐵路及迪士尼綫列車
不過由2021年3月開始，港鐵稱有人投訴車站環境造成影響為由，在天水圍站、元朗站及朗屏站大堂近玻璃幕牆位置加裝了鐵鍊，禁止市民坐下。 有網友反應激烈，直指港鐵職員矯枉過正，更有人說「捉水貨客又唔見你哋咁落力」，另有網民希望港鐵方面可以聽取各方意見，妥善處理同類情況。 「香港十八區動物保護專員」召集人麥志豪及「爭取成立動物警察大聯盟」向香港警察舉報港鐵在事件上觸犯第169章《防止殘酷對待動物條例》刑事罪行，但香港警察只將事件列為求警協助案，案件最後獲警方不了了之方式處理。 港鐵發言人無正面交代唐狗被輾斃的原因，以及為何唐狗未離開路軌便重啟列車服務。 港鐵當時更表示無法證實狗隻死亡和來自中方的跨境直通列車有關。 2013年1月24日，北角站有幕門起火，港島線不停北角站，將軍澳綫調景嶺至寶琳維持五分鐘一班，調景嶺至康城維持十分鐘一班。
港鐵地圖: 街道圖
與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，共10人受輕傷送院治理無大礙。 1993年4月27日，當時未與九廣鐵路合併的地鐵公司，曾發生全球首宗脫卡意外。 事發時，一列荃灣綫載客列車由荃灣站駛往大窩口站途中，一個車卡的連接器鬆脫，導致最後3卡車廂與前面車卡分離，失去動力後停在隧道內。 但車長未察覺列車脫卡繼續行駛，駛至大窩口站時，經月臺職員通知才揭發事故。